黑膜沼氣池密封上蓋，是黑膜沼氣池施工很關鍵的一步，黑膜沼氣池封蓋有兩種方式。

雙層鋪膜施工法，直接鋪兩層黑膜，再注入沼渣發酵生成沼氣。這樣省時廢料，產氣后鼓包大。

底膜頂膜分開施工，鋪設完底膜后，注水，再焊接頂膜，利用水的浮力，整體覆蓋頂膜。這樣省料費時，產氣后鼓包小。